כלי יקר הוא פירוש על חמישה חומשי תורה שנכתב על ידי רבי שלמה אפרים מלונטשיץ. הספר כלי יקר התקבל כאחד מעמודי התווך של פרשנות המקרא, והודפס פעמים רבות במספר מהדורות. פעמים רבות הפירוש הוא שכתוב של דרשות ורעיונות אותם נשא הרב מלונטשיץ בדרשותיו השבועיות.

חברו החכם מופת הדור אשר מעייני חכמתו נפוצו חוצה אשר חבר את הספרים: עיר גיבורים, עוללות אפרים, אורח לחיים, עמודי שש, פתיחות ושערים, שפתי דעת הלא הוא הגאון מהר"ר שלמה אפרים לונטשיץ זצוק"ל.

ספר "כלי יקר" במהדורה חדשה עם ציונים ומקורות וניקוד כל פסוקי התורה. מהדורת "פאר המקרא".

מרכיבי הפירוש כלי יקר:

פשט
עיקרו של פירוש "כלי יקר" הוא על דרך הפשט, וכן העיד על עצמו המחבר בהקדמתו: "וכל דברי קרובים לפשוטו מאוד". הפירוש מתייחס לפירושים רבים שקדמו לו כגון: רש"י, רמב"ן, ספורנו, אברבנאל, הרא"ם, הרמב"ם במורה נבוכים ועוד. פעמים שהוא מוסיף לדבריהם נופך משלו, מוכיח את אמיתות דבריהם או משתמש בדבריהם להוכחת דבריהם, ופעמים גם חולק עליהם ומקשה על דבריהם.

ככל הפשטנים, גם פירוש זה עוסק בשאלות של סגנון הכתוב, סדר המילים בפסוק, כפל במילים שונות, דיוק בדברי הכתוב ויישוב מקראות.

אגב הפירוש על התורה, פזורים בפירוש גם הסברים לפסוקים מהנביאים ומהכתובים, ולעתים לא רק פסוקים בודדים כי אם רצף פסוקים או עניינים.

מדרשי חז"ל
מלבד הפשט, מצויים בפירוש "הכלי יקר" מדרשי חז"ל ומאמרים מהתלמוד או מהמדרשים. פעמים הפירוש מנסה ליישב סתירות בין הפשט למדרש, ובסופו של דבר מסיק: "ומכל מקום, לעולם אין כוונתנו לפרש המקראות חוץ מפשוטם."

רמז
עיקר הפירוש בדרך רמז נמצא בענייני המשכן וכליו, זאת בעקבות שאר המפרשים שגם פרשו כך את מעשה המשכן. בשאר המקומות, ענייני הרמז הם בעיקר תוכחה ומוסר לקורא, זאת מכיוון שלמחבר הייתה מטרה נוספת בפירושו, והיא ללמד מוסר את מי שמוכן לשמוע.

סוד
לעתים נדירות מסביר הכלי יקר דברים על פי דרך הקבלה, למשל: "ולדעת חכמי הקבלה…

תוכחות מוסר
בפירוש "הכלי יקר" ישנן תוכחות מוסר רבות לציבור הקוראים. המחבר הוקיע תופעות של מינוי רבנים ודיינים שלא לפי גדולתם בתורה‏, התריע על צרות עין‏, חנופה‏, הזכרת שם שמיים לבטלה‏, קיום מצוות שלא לשמן‏, אי הדרישה של עם ישראל מה' לשוב אל ארץ ישראל ופירוד לבבות בעם ישראל‏. בפירוש פרשת מצורע מופיעה דרשה אותה דרש בלובלין בשבת זכור, וכל כולה תוכחה על חטא לשון הרע.

מקום מיוחד בתוכחות תופסת התוכחה בעניין תאוות הממון והרדיפה אחר המותרות. בעשרות מקומות בפירוש מוסברים הנזקים שחמדת הממון גורמת לאדם, ולא רק חמדת הממון, כי אם הממון עצמו: "התורה והעושר בורחים זה מזה".

אמונות ויסודות היהדות
במספר "כלי יקר" מקומות דן הפירוש בסוגיות של אמונה ויסודות היהדות, ובהגנה עליהן מפני המכחישים אותן. לדוג', על מנת "לסתום פי דוברי עתק על תורתנו הקדושה" הביא הפירוש בפרשת בחוקותי שבעה הסברים קצרים (אותם כתב בתחילה האברבנאל) מדוע לא מוזכר בתורה השכר הרוחני, ומוזכר רק הגשמי. במקום אחר‏ מוסבר מדוע אין הקב"ה נוקם ברשעים המרעים לצדיקים.